На плодах под кожицей появляются вдавленные пятна разного диаметра, сначала зеленой, а затем коричневой и темно-коричневой окраски. Пятна углубляются, отдельные клетки под кожицей отмирают, ткань становится губчатой, похожей на пробку. При сильном развитии заболевания такие пробки пронизывают всю мякоть до сердцевины. Внешний вид яблок ухудшается, они становятся горькими, непригодными в пищу. Поражению больше подвержена верхняя часть плода.
У разных сортов это заболевание проявляется неодинаково, у одних плоды
поражаются еще на дереве, у других – во время хранения. Основной пик развития болезни приходится на октябрь–ноябрь. Наиболее подвержены заболеванию плоды крупных размеров в верхней части кроны. Благоприятные условия для возникновения и развития горькой ямчатости создаются при частых поливах или обильных дождях, внесении больших доз азотных или калийных удобрений, хранении плодов при высоких температурах.