Корневая система облепихи поверхностная, главный корень обычно достигает глубины около 40 см, затем прекращает рост. В дальнейшем развивается сеть неглубоких горизонтальных корней.
Особенность облепихи и других растений из семейства лоховые – образование корневых клубеньков (подобно клубенькам бобовых растений). В клубеньках обитают бактерии, способные связывать атмосферный азот. Установлено, что благодаря этим микроорганизмам облепиха может обеспечить собственную потребность в азоте. Поэтому растение способно обитать даже на бедных почвах. Лучше всего клубеньки образуются в рыхлой почве с нейтральной реакцией. На почвах средней (pH 4–5) и слабой кислотности (pH 5–6) клубеньки образуются слабо и облепиха плохо растет. Максимальное количество клубеньков образуется на корнях, находящихся в верхнем слое почвы.
Считается, что клубеньковые образования способствуют переводу труднорастворимых минеральных и органических соединений в легкоусваиваемые формы и помогают поглощению питательных веществ.
Таким образом, «вздутия», или клубеньки, – это очень важные в жизни облепихи образования, удалять их ни в коем случае нельзя, так как растение может погибнуть.